近年来，个人所得税收入逐年大幅增长，地位不断上升，成为仅次于增值税、营业税、企业所得税的第四大税种。个人所得税在增加财政收入、调节个人收入方面起到了—定的作用。但随着我国经济体制改革的不断推进，市场经济的建立和完善，现行个人所得税运行机制逐步显露出税制设计不合理，征管制度不严密，调节收入分配乏力等缺陷。
　　 个人所得税机制运行中表现出的主要问题
　　 1、按月、按次分项计征，容易造成税负不公。现实生活中，由于种种原因，纳税人各月取得的收入可能是不均衡的，有的纳税人收入渠道比较单一，有的纳税人则可能从多个渠道取得收入，有的纳税人每月的收入相对平均，有的纳税人取得的收入则相对集中。而依照现行的个人所得税法规定，实行按月、按次分项计征，必然造成税负不公平的现象： (1)对收入渠道单一的纳税人征税重，对收入渠道多的纳税人征税轻。例如月收入同为2000元，一方都是工薪所得，应缴纳20元税款；另一方2000元所得分别为工薪所得800元，劳务所得800元和稿酬所得400元，则不必纳税。(2)对每月收入平均的纳税人征税轻，对收入相对集中的纳税人征税重。如某人全年稿酬所得2000元为一次所得，需缴纳税款168元，若分3次分别取得800元、600元、600元，则不必缴纳税款。
　　 2、现行个人所得税的征收范围采取的是列举法，现行税制一共列举了工资薪金所得、稿酬所得等11项，除这11项之外的其他所得不纳入征税范围。这种方式虽然使应税项目明确、清楚，但也存在一些弊端：一是现实中各种收入名称众多又不统一，难以与税制所列项目做到对号入座，给征税带来了困难，容易造成偷税和避税。二是我国个人所得日益呈现多元化趋势，除税制列举的11项外，还有实物代币购物券、有价证券等，现行个人所得税已不能适应对多元化的个人所得征税的要求。
　　 3、我国现行个人所得税对工资薪金所得采取定额扣除法。这种费用扣除方法比较简单，征税双方易于掌握。但是，这种费用扣除方法也存在着十分明显的缺点：首先，由于这种费用扣除方法以固定数额作为费用扣除标准，未能与物价指数挂钩，从而难以适应由于通货膨胀造成的居民生活费用支出不断上涨的实际情况；其次，这种费用扣除方法对不同纳税人采用单一的费用扣除标准，没有考虑每个家庭的总收入、抚养亲属的人数、用以住房、教育、医疗等项目支出，从而会造成不同纳税人之间的税收负担不平衡。
　　 4、国内外居民税前扣除适用不同标准。国内居民税前扣除额人民币1600元，而中国境内的外籍人员，在国内居民扣除基础上再扣除人民币3200元。“入世”后的中国，税收也应当按WTO规则体系和国际惯例进行调整，促进税收公平、公正，消除现行国内外居民纳税的不平等性。
　　 5、税率设计不合理。对于个人所得税的税率，目前主要是实行比例税率和累进税率两税形式，工资、薪金所得适用5%~45％的九级超额累进税率，个体户和承包承租经营所得适用5%~35％的五级超额累进税率，其他收入均适用20％的比例税率。这种税率的设计主要有以下几方面的问题：一是工薪所得的超额累计税率级次太多，一部分税率很少使用；二是不同项目下特别是同为劳动所得的项目，却产生不同的税负，有失公平。如工资收入和劳务报酬收入同为3万元，作为工薪收入应交税5725元，而3万元的劳务报酬收入却只交5200元。这说明我国现行税率没有全面、完整地体现纳税人的负担能力，没有充分体现税收的公平原则。
　　 6、个人所得分散、应税所得计算困难、税收征管不力、偷漏税问题严重一直是个人所得税征管存在的突出问题。造成这种状况的原因是多方面的，主要原因是我国现金收支规模大，对个人的收支核算体系没能有效地建立起来，缺乏对个人收支进行监控的有效手段。同时还应注意到，当前我国个人所得税主要是依靠对行政事业单位、企业的工资薪金的课征。相关资料显示，个人所得税主要由收入并不很高的工薪阶层负担，除工薪阶层和知识分子纳税意识较强外，一个很重要的原因是工资、薪金所得较严格地实行代扣代缴制，逃税可能性小。
　　 7、公民纳税意识淡薄。相当多的人，自己的纯所得在免税范围内时高唱“纳税光荣”，一旦应缴纳税款时，心里总不高兴，于是就使出浑身解数逃税，越是高收入者逃税的越多。
个人所得税法需进一步完善
　　 1、修订后的个人所得税应统一实行按年综合所得计征，按月或按次分类预缴，年终汇算清缴，多退少补的征收方式。这样做既可以保证税款及时、均衡、足额入库，防止偷逃税行为的发生，又有利于公平税负，减少征税成本，方便纳税人和扣缴义务人申报计税。
　　 2、适当调整费用扣除标准和范围。建议费用扣除的项目包括纳税人为保证纳税人及其配偶和抚养人口必须的基本生活费用；为保证中低收入者的基本生活需要和对特殊弱势群体的扶持照顾，进行薪金所得特别扣除和残疾抚养特别扣除等。另外，在扣除中应考虑到实际通货膨胀率的影响，在扣除额上乘以一个相应的指数(如通货膨胀率等)来消除由于通货膨胀所造成扣除额实际下降的情况。例如：通货膨胀率为20％，若未考虑通货膨胀因素的扣除额为1600元，那么调整后的扣除额应为1920元(即1600×[1+20％])。
　　 3、实行宽税基、低税率、少优惠、严管理的税收政策。(1)在征税对象的划定上，应按照“宽税基”的原则，扩大个人所得税的征税范围，拓宽税基。同时，对征税范围的列举方式应采取反列举法，即只列举不征税的项目，余下的全征税。(2)在税率的设计上，应遵循有利于调节消费结构，促进公平的原则，宜采取超额累进税率，对同一税源的所得应适用相同的税率形式与级次，保证税负公平。(3)减少减免税项目，适当调整费用扣除标准和范围。减免税项目越多，越容易造成税负的不公平，也越难以体现出税法的严肃性。
　　 4、政府应加强对个人所得税的调控。第一，建立个人终身税务号码(与身份证编号类似)，加强银行功能，减少经济生活中的现金流量，发展信用卡业务。第二，完善纳税申报制度，以法律形式规定当期收入或个人存量财产实名制，以便全面掌握个人收入及财产。第三，规定纳税人、支付单位和银行三方税务申报制度，凡达到纳税标准的必须申报纳税。第四，建立用人单位对个人支付的明细表制度并定期向税务机关申报。第五，加强税务稽查和对违反税法的处罚，要在全社会公民中逐步形成遵守税法与遵守刑法等法律同等重要、同等约束力的思想。
　　 5、增强公民的法制观念、纳税意识。公民法制观念不强是纳税意识薄弱的重要原因。目前在税法宣传上更多的是宣扬纳税人的义务而淡漠纳税人的权利，弱化了纳税意识。可以相信，解决纳税义务者的权利后，其纳税积极性会大大增强。因此应扩大纳税人的知情权，增加政府财政预算、财政开支的透明度，从而使纳税人不仅清楚征税过程，而且也明白税款流向，消除纳税抵触情绪。对依法诚信纳税的公民，根据建立的信用记录，确定相应的奖励制度。借鉴税收法制较为健全的国家和地区的做法，将公民纳税与个人利益相联系，比如依法纳税的公民，在养老和医疗等方面享受不同程度的优惠待遇。