新《水法》建立了比较健全的法律制度，为水利系统依法行政提供了法律支撑
大概可以概括为八项制度：
1、取水许可制度
2、水资源有偿使用制度
新《水法》第七条规定，“国家对水资源依法实行取水许可和有偿使用制度”，第四十八条规定“直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，取得取水权”。根据新《水法》的规定，国务院修订了《取水许可制度实施办法》，颁布了《取水许可与水资源费征收管理条例》（国务院令第460号）。
3、水资源论证制度
新《水法》规定跨流域调水应当进行全面规划和科学论证，国民经济和社会发展规划以及城市总体规划的编制、重大建设项目的布局，应当与当地水资源条件和防洪要求相适应，并进行科学论证。《取水许可与水资源费征收管理条例》以及水利部、国家发改委《建设项目水资源论证管理办法》对水资源论证作出了具体规定。
4、水功能区划制度
新《水法》规定，江河、湖泊的水功能区划，由县级以上地方人民政府水行政主管部门会同同级人民政府环境保护行政主管部门和有关部门拟定，报同级人民政府或者其授权的部门批准，并报上一级水行政主管部门和环境保护行政主管部门备案。
5、饮用水水源保护区制度
新《水法》第三十三条规定，“国家建立饮用水水源保护区制度。省、自治区、直辖市人民政府应当划定饮用水水源保护区，并采取措施，防止水源枯竭和水体污染，保证城乡居民饮用水安全”。第三十四条规定，“禁止在饮用水水源保护区内设置排污口。在江河、湖泊新建、改建或者扩大排污口，应当经过有管辖权的水行政主管部门或者流域管理机构同意，由环境保护行政主管部门负责对该建设项目的环境影响报告书进行审批”。水利部通过制定《水功能区管理办法》和《入河排污口监督管理办法》两个部门规章，对饮用水水源保护区和排污口监督管理进行了规定。
值得注意的是，新《水法》对饮用水水源保护区的规定比《水污染防治法》有了新的突破，主要表现在：一是以保护城乡居民饮用水安全为宗旨，不仅保护地表水饮用水源，同时也保护地下水饮用水源；不仅保护水质，同时也防止水源枯竭。二是把禁止设置排污口排放污水的范围从一级保护区扩大到所有饮用水水源保护区。
6、河道采砂许可制度
新《水法》第三十九条规定，“国家实行河道采砂许可制度。河道采砂许可制度实施办法，由国务院规定。在河道管理范围内采砂，影响河势稳定或者危及堤防安全的，有关县级以上人民政府水行政主管部门应当划定禁采区和规定禁采期，并予以公告”。水利部在国务院颁布的《长江河道采砂管理条例》的基础上，组织起草了《中华人民共和国河道采砂管理条例》，已多次征求各省市水利厅局和国务院有关部门的意见，据了解，国务院法制办正在组织审议。
7、对用水实行总量控制与定额管理相结合的管理制度
新《水法》第四十七条规定，“国家对用水实行总量控制和定额管理相结合的制度。省、自治区、直辖市人民政府有关行业主管部门应当制订本行政区域内行业用水定额，报同级水行政主管部门和质量监督检验行政主管部门审核同意后，由省、自治区、直辖市人民政府公布，并报国务院水行政主管部门和国务院质量监督检验行政主管部门备案。县级以上地方人民政府发展计划主管部门会同同级水行政主管部门，根据用水定额、经济技术条件以及水量分配方案确定的可供本行政区域使用的水量，制定年度用水计划，对本行政区域内的年度用水实行总量控制”。由于我国不同行政区域的水资源条件和不同行业的用水情况相差比较大，新《水法》没有要求国家制定用水定额，而是授权由省一级有关行业行政主管部门制定，经省级人民政府批准后实施的方法，来实施用水定额和总量控制计划。
8、用水实行计量收费与超定额累进加价制度
新《水法》第四十九条规定，“用水应当计量，并按照批准的用水计划用水。用水实行计量收费和超定额累进加价制度”。《取水许可与水资源费征收管理条例》第二十八条规定，“取水单位或者个人应当按照经批准的年度取水计划取水。超计划或者超定额取水的，对超计划或者超定额部分累进收取水资源费”。第三十二条规定，“水资源费缴纳数额根据取水口所在地水资源费征收标准和实际取水量确定”。第二十七条规定“水电工程取水的水资源费按实际发电量计收，其他取水的水资源费按实际取水量计收”，第三十五条规定“取水户应当严格按照经批准的取水量取水。对超额取水部分实行累进征收水资源费。超额取水不足百分之十的部分，加收一倍水资源费；超额取水百分之十以上，不足百分之二十部分，加收二倍水资源费；超额取水百分之二十以上，不足百分之三十部分，加收三倍水资源费。超额取水百分之三十以上的，县级以上人民政府水行政主管部门应当责令其暂停取水，限期整改”。上述行政法规和地方性法规，对计量收费和超定额累进加价收费作出了明确规定，有利于操作。
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